Forma CICESE especialistas en bioinformática

Para abrir una oportunidad de capacitación en el uso de herramientas de análisis de datos genómicos, especialistas del Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada (CICESE) organizan —desde el 2014— talleres de bioinformática.

La finalidad del comité organizador, integrado por un grupo multidisciplinario de investigadores, es proponer un espacio en el que científicos y estudiantes de todo México puedan instruirse en el tema, pero especialmente aquellos de la región noroeste, zona donde han detectado mayor necesidad de actualización.

En entrevista con la Agencia Informativa Conacyt, María Clara Arteaga Uribe, investigadora del Departamento de Biología de la Conservación de CICESE e integrante del comité organizador, explicó que el objetivo fundamental de los talleres es aprender sobre el uso de herramientas de análisis de datos genómicos.

“Por muchos años hemos trabajado con marcadores moleculares clásicos y ya sabemos un poco mejor cómo hacer esos análisis, pero ahorita con la posibilidad de aumentar la cobertura del genoma; nuestra idea es aprender a generar estos datos, a analizarlos e interpretarlos”, apuntó.

Destacó que en la organización de los talleres participan tres de las cuatro divisiones del CICESE, lo que les da un enfoque multidisciplinario con personas que tienen diversos intereses dentro de la biología y, a su vez, nutre el desarrollo de la capacitación.

Para Arteaga Uribe, la realización de talleres de bioinformática se traduce en un espacio de interacción entre investigadores y estudiantes que permite establecer contactos para colaborar o dar continuidad a su formación.

Consideró que a nivel de investigación, la especialización en el análisis de datos genómicos se refleja en un acceso más amplio para conocer qué hay en el genoma y obtener información más precisa acerca de los procesos que han moldeado la diversidad genética de las especies, sean de interés económico o silvestre.

Tres talleres, tres temas

Clara Galindo Sánchez, investigadora del Departamento de Biotecnología Marina y también integrante del comité organizador, comentó que los talleres —con duración de una semana— se iniciaron en 2014 con la visión de impulsar la formación de especialistas en el desarrollo de datos genómicos, sobre todo en la región noroeste del país.

Desde entonces, se han llevado a cabo tres ediciones —una cada año— con tres temas distintos pero todos relacionados con bioinformática.

Las investigadoras detallaron que la edición de 2014 fue dedicada a metagenómica, una técnica que permite obtener datos de pocas regiones del genoma, pero puede hacerse en un gran número de individuos al mismo tiempo, lo que facilita obtener información sobre biodiversidad.

Este primer taller contó con la participación de investigadores especialistas en el tema y obtuvo una amplia respuesta, no solamente de estudiantes e investigadores de CICESE, sino de diversas instituciones de educación superior con presencia en Sonora, Sinaloa y Baja California Sur.

Con el antecedente de la primera experiencia, en 2015 el comité organizador buscó integrar a las labores de logística a más científicos de CICESE que están trabajando en sus proyectos con datos genómicos.

Como resultado, se logró que un especialista en el análisis de RNA-Seq, impartiera el taller sobre transcriptómica y epigenética, que analizan la expresión de genes y que permiten abordar la respuesta de los organismos a condiciones ambientales diferentes.

Para la edición de este año, se preparó un taller dedicado a RAD-Seq o genómica funcional, herramienta con que se evalúan señales de selección y de deriva génica en los genomas de las especies que están distribuidas en un paisaje.

Software para organizar datos

Enseñar el funcionamiento de un software libre que tiene como función la limpieza, alineación y organización de datos genómicos para responder a preguntas de investigación, fue el tema central del taller de bioinformática celebrado en agosto de este año en CICESE.

“Lo que nos están enseñando es primero entender de dónde salen estos datos, después nos muestran cómo se pueden aplicar para responder preguntas evolutivas, y estamos enfocados principalmente en un programa libre que fue desarrollado por uno de los profesores que imparten el curso”, explicó María Clara Arteaga Uribe.

En cuanto a los expositores, comunicó que fueron los doctores Julian Catchen, investigador del Departamento de Biología Animal de la Universidad de Illinois y desarrollador del software, y Christopher Smith, investigador y jefe del Departamento de Biología de la Universidad Willamette.

Entre los asistentes, estuvieron investigadores, catedráticos y estudiantes que están interesados en abordar preguntas de investigación en las áreas de acuicultura, biotecnología marina, pesquerías, ecología y evolución, con datos de genómica poblacional.

Exitosa convocatoria

La convocatoria para participar en el taller no cuenta con una fecha precisa, pues las fechas cambian según la disponibilidad de los especialistas que impartirán la capacitación, pero siempre se realiza en el segundo semestre del año y se anuncia en el sitio oficial de CICESE.

La respuesta a los talleres ha sido muy satisfactoria, pues de acuerdo con las organizadoras, el cupo llega a su límite en menos de una semana, lo que las alienta a continuar realizándolos y trabajar para ampliar su capacidad.

Recalcaron la importancia del apoyo institucional que reciben de CICESE, puesto que el centro apoya con recursos económicos y facilita las instalaciones, además de que cada división realiza una aportación.

“Lo que cobramos por inscripciones es bastante bajo y lo que hacemos cada año es becar a estudiantes, entonces más de la mitad de los estudiantes no paga, están becados, porque la idea es entrenar a los estudiantes que se están formando”, subrayó María Clara Arteaga Uribe.

Fuente: CONACYT.